如東縣自然資源和規劃局設下列內設機構：

辦公室、財務審計科、自然資源調查監測與測繪科(自然資源確權登記科)、自然資源權益與利用科（行政服務科）、國土空間規劃科、耕地保護與生態修復科(國土空間用途管制科)、海洋管理科、林業與礦產資源管理科、法規監督科、安全生產監管科（執法監督科）、機關黨委。