一、南通市如東生態環境局設下列內設機構：

辦公室、綜合科、法規宣教科、水生態環境科（海洋生態環境科）、大氣環境科、土壤與固體廢物科（核與輻射安全管理科）、綜合執法科、環境信訪調處科、生態環境應急科（安全生產監管科）、如東生態環境監控中心、如東生態環境監測站

二、南通市如東生態環境局設下列派出機構：

南通市如東生態環境綜合行政執法一局、

南通市如東生態環境綜合行政執法二局、

南通市如東生態環境綜合行政執法三局、

南通市如東生態環境綜合行政執法四局、

南通市如東生態環境綜合行政執法五局、

南通市如東生態環境綜合行政執法六局。