縣衛生健康委員會設下列內設機構：

辦公室、人事科、財務科（審計科）、健康促進科（縣愛國衛生運動委員會辦公室）、醫政醫管科（中醫藥管理科、科技教育科）、基層衛生與婦幼健康科、疾病預防控制科（衛生應急辦公室）、綜合監督科（政策法規科、行政服務科、職業健康科）、人口監測與家庭發展科（老齡健康科）、體制改革科（信息科）、縣老齡工作委員會辦公室、機關黨委（黨建辦）。